Στο τμήμα Γεωπονίας λειτουργούν τα παρακάτω δύο Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών:
Master of Science «Παραγωγή, πιστοποίηση και διακίνηση φυτικού πολλαπλασιαστικού υλικού»
MSc in “Production, certification and distribution of plant reproductive material”
Ιστοσελίδα Μεταπτυχιακού: https://crop-cert.uowm.gr/
Master of Science «Ολοκληρωμένη διαχείριση παραγωγικών ζώων και άγριας πανίδας»
MSc in “Livestock and Wildlife Management”
Ιστοσελίδα Μεταπτυχιακού: https://lwm.uowm.gr